Naruto: Shippūden stanowi kontynuację serii, jej fabuła zaczyna się, gdy szesnastoletni Naruto Uzumaki wraz ze swoim senseiem Jiraiyą powraca po dwóch i pół roku nieobecności do Konohy. Jest nieco bardziej dojrzały niż w pierwszej części. Jego głównym celem jest ocalenie przyjaciela Sasuke z rąk Orochimaru. Oczywiście po drodze będzie trzeba stawić czoło głównemu wrogowi czyli organizacji Akatsuki, która będzie chciała schwytać wszystkie demony i wykorzystać je dla własnych celów.